Lõuna-Eesti alad olid praeguse Eestimaa territooriumist esimesed, mis hakkasid ligi 15 000–16 000 aasta eest jääst vabanema. Lõuna-Eestile omane künklik pinnamood kujuneski viimase jääaja lõpul. Kuna liustikuserv püsis neil aladel pikemalt, sulas jääst välja palju setteid. Maastikuteaduslikult tähistab seda piirkonda Lõuna-Eesti maastikuvaldkond, mis ulatub Vooremaast põhjas kuni Sakala kõrgustikuni läänes ja Haanja kõrgustikuni kagus.  

Paikkonna reljeefi iseloomustab lavamaade, kuhjeliste kõrgustike ja suurvoorte vaheldumine, nõod ja orundid, mille põhjas järv või soo, samuti laialt esinevad ürgorud. Kireva koostisega pinnakatte-lasundi paksus on Lõuna-Eestis paiguti rohkem kui 100 m. Puurimiste tulemusena on leitud setteid mitmest jääajast.  

Mammutite maa

Eesti aladelt, eelkõige lõunaosast on leitud karvase mammuti, karvase ninasarviku ja ürgpiisoni jäänuseid. Arvatavalt toitis muistse Haanja lavamaa tundramaastik jääaja faunat juba palju enne, kui toonased avatundra imetajad Balti jääpaisjärve läbimurde ehk nn Billingeni katastroofi aegadel jää kannul põhja poole liikusid, et seal lõpuks välja surra. Kuna mammutid kadusidki Euraasia mandriosast jääaja lõpuperioodil, peetakse siinset piirkonda ka üheks mammutite viimaseks pelgupaigaks.

Viimase jääaja järel alguse saanud ning tänastele Eesti asukatele tuttava kuju ja näoga maa jaguneb üldjoontes kaheks: paeseks Põhja-Eestiks ja liivakiviseks Lõuna-Eestiks. Siiski, puutumata loodusega ja liigirikas Lõuna-Eesti on nii eriilmeline, et lühikest ülevaatlikku pilti kogu piirkonnast pole lihtne maalida isegi pühendunud loodusteadlasel. 

Haanja, Rõuge, Urvaste

Liivakivise Lõuna-Eesti pinnavorm pakub põneva erandi Võrumaa lõunaserval, kus liivadel lasub hoopis devoni paas. Haanja kõrgustik toetub paekivituumale, sealse aluspõhja kõrgus küünib 166 meetrini üle merepinna – kõrgemale kui mujal Eestis. Võrumaa loodus püstitab üldse mitmeid rekordeid, millest mõni väärib märkimist ka naabrite juures.  

Nii ulatub Haanja loodusparki jääv Baltimaade kõrgeim tipp Suur Munamägi 317 meetrini merepinnast ning 304 meetrine ja 120-aastase ürgmetsaga Vällämägi on suhtelise kõrguse poolest Eesti kõrgeim mägi, mille nõlv 82 meetrit. Vällämäe raba on kõige paksema turbalasundiga – lausa 17 meetrit. Haanja kõrgustikul kui Eesti ühel järverikkaimal alal asub ka kõige kõrgemal paiknev järv Tuuljärv, mille kõrgus merepinnast 257 meetrit. Kõrgustiku serval Rõuge ürgorus laiuv Rõuge Suurjärv on aga Eesti sügavaim, 38 meetrit.  

Võrumaalt saab alguse Eesti pikim jõgi Võhandu, mis lookleb 162 km ja suubub Lämmijärve. Piusa jõe ääres asub Eesti kõrgeim liivakivipaljand: 19 meetri kõrgune Härma müür, mille oruveeru kõrgus on 43 meetrit. Võrumaal Urvaste ürgoru piirkonnas kasvab aga jämedaim puu – ligi 700 aasta vanune Eesti tammede kuningas Tamme-Lauri tamm, mille tüve ümbermõõt on 8 meetrit. See hiiglaslik tamm on viimaseks tunnistajaks looduslikust tammemetsast, mis kasvas Urvaste-Kanepi tee ääres mitme sajandi eest. 

Karula, Otepää, Pühajärv

Valgamaal väljendub mandrijää ebaühtlase sulamise tagajärjel tekkinud maastik kõige ilmekamalt Karula rahvuspargis. Üle-euroopalisse Natura 2000 võrgustikku kuuluv rahvuspark aitab säilitada Lõuna-Eestile iseloomulikke metsa- ja järverikkaid kuppelmaastikke, pinnavorme, loodust ja ka kultuuripärandit. Karula metsade, põldude ning heinamaaga kaetud küngaste vahele jäävad pisikesed rabad, sood ja 40 järve, neist suurim Ähijärv. Karula maastikest 30% on pärandkultuurmaastikud – aastatuhandete jooksul inimtegevuse ja looduse koosmõjul tekkinud maastikud. Rahvuspark on koduks kahele nii Eestis kui kogu Euroopas haruldasele loomale – Euroopa saarmale ning tiigilendlasele.  

Karulaga külgneb Otepää kõrgustik, mille kõrgeim tipp Kuutsemägi küünib 217 meetrini. Otepää kõrgustik on huvitav oma arvukate ürgorgude poolest, mis jagavad kõrgustiku väiksemateks küngastikeks ja lainjateks lavadeks. Kõrgustikul asub muuhulgas Eesti kõrgeim linn, merepinnast 152 meetri kõrgusel asuv Otepää. Piirkonna üht suuremat ja kaunimat järve – 3,5 km pikka ja 1,6 km laia Pühajärve hinnatakse liigirikka kalastiku poolest. 

Emajõgi, Peipsi järv, Võrtsjärv

Tartumaa loodust ilmestavad võimsad veekooslused, millest tähtsaimad on Emajõgi ja Peipsi järv, mis oma suuruses puudutab ka Jõgevamaad ning teisigi maakondi. Oluline on märkida ka Viljandimaaga kahasse jagatavat Võrtsjärve, Eesti suurimat sisejärve, mis pindalalt on suurem kui teised Eesti järved kokku (arvestamata Peipsit).  

Eesti võimsamaid jõgesid, 100 km pikk Emajõgi voogab kohati kuni 145 m laiuselt. Emajõe üks eripärasid on võimas deltasoostik, rohked luhaveekogud ning arvukalt vanajõgesid. Emajõe Suursoo, suurim deltasoostik Eestis ja oluline merikotkaste pesitsuspaik, kuulub koos Alam-Pedja looduskaitsealaga rahvusvahelise tähtsusega märgalade ehk Ramsari alade nimistusse. Kärevere looduskaitseala on muuhulgas Euroopas haruldase rohunepi pesitsusala, kuid sealsete kaitstavate liikide hulka kuuluvad ka must-toonekurg, väike-konnakotkas, merikotkas, mitmed nahkhiireliigid, tõugjas, hink, võldas, vingerjas, kaunis kuldking jt. 

Emajõgi voolab Võrtsjärvest Peipsi järve, Euroopa suuruselt neljandasse veekokku, mille pindala on 3555 km². Kaheks suureks järveks, Peipsi ehk Suurjärveks ning Pihkva järveks liigenduvat veekogu ühendab kitsas ja sügav väinalaadne Lämmijärv. Peipsi kaldal seistes mõjub see kui meri, sest teist kallast iga ilmaga ei paista: järvede kogupikkus on lausa 143 km ning laius 49 km. Kalarikas Peipsi paelub ligi 40 km pikkuse liivase rannaalaga, mis on ühtlasi Eesti pikim rand. Peipsit kasutab igal aastal peatuspaigana üle miljoni rändlinnu. Peipsi äärde jääb ka Eesti pikim Devoni liivakivi paljand, ligi kilomeetri pikkune Kallaste pank, kus elab siinne suurim kaldapääsukeste koloonia.  

Märgilise tähendusega Tartumaa loodusväärtuseks tuleb pidada Järvselja loodukaitsealal asuvat ainukordset ürgmetsakvartalit, mida nimetatakse kogu Eesti metsanduse hälliks. Euroopas leidub ürgmetsi vaid vähestes kohtades ja üks neist haruldustest peitub just Järvseljal. 19,3 ha suurune Järvselja ürgmets ja ühtlasi Eesti vanim metsakaitseala annab hea ettekujutuse kunagistest põlismetsadest. Eestimaa puuhiiglaste koduks peetava Järvselja kõrgeimad kuused on küündinud isegi 48 meetrini, püstitades Baltimaade rekordi. Sealsete 200-aastaste männipuistute kõrgus ulatub üle 40 meetri. Üks väärikamaid on Kuningamänd, millel vanust üle 360 aasta. Esiletõstmist väärib Tartumaal ka Padakõrve metsakuklaste looduskaitseala, üks suurimaid Euroopas, kokku ligi 1500 pesakuhilaga. Piirkonna taimkatte, atmosfääri ja vee kaugseirega tegeletakse muuhulgas Tartu Observatooriumis. 

Vooremaa, Saadjärv

Jõgevamaal laiuvad Vooremaa suurvoored ja järved moodustavad kui omalaadse jääaja vabaõhumuuseumi. Voored on mandrijää voolimisvormid, piklikud ja laugenõlvalised ning kumera laega künnised. Vooremaa maastikurajoon, Euroopa üks väheseid klassikaliste suurvoorte esinemisalasid, on Eesti unikaalsemaid piirkondi. Voorte pikkus ulatub 13 ja laius 3,5 kilomeetrini, kõrgus võib küündida isegi 60 meetrini. Viirulist maastikupilti rõhutavad voortevahelised jääkündenõod ning neisse tekkinud piklikud ja sügavad järved nagu Saadjärv, millel sügavust kuni 25 m. 

Valgesoo, Taevaskoda, Süvahavva, Piusa

Põlvamaa unikaalsed looduskooslused tulevad esile nii Valgesoo kui ka Meenikunno maastikukaitsealal, kus laiuvad erinevad soo- ja rabamaastikud ning metsatüübid, milliseid mujal Euroopas kohtab harva. Sood täidavad üliolulist rolli maakera veeringes. Lõuna-Eesti ürgse ja puutumatu looduse väärtused peituvad muuhulgas rohketes soomaastikes, millest enamik on looduskaitse all. 

Ahja jõe ürgoru maastikukaitseala, mis kaitseb Devoni liivakivi paljandeid ja koopaid koos ohustatud liikidega, pakub maagilisi avastusi Taevaskojas. Nii Suur Taevaskoda oma kõrge paljandiga kui ka Väike Taevaskoda allikate uuristatud Emalätte ja Neitsikoopaga on Eesti üks ilusamaid looduslikke vaatamisväärsusi. Eesti pikima jõe Võhandu liivakivi paljandid jätavad mastaapseima mulje Süvahavval, kus Viira veskimüüri kõrguseks on mõõdetud 16,5 meetrit. 

Piusa koobastiku looduskaitseala üheks põhieesmärgiks on Baltimaade suurima talvituvate nahkhiirte koloonia kaitsmine. Inimtekkelistes klaasliiva koobastes on praegu loendatud ületalve elamas rohkem kui 3000 nahkhiirt viiest liigist. Sealset liivast ja künklikku männipalude maastikku läbib kõrgete ja järskude nõlvadega Piusa jõe ürgorg, mis kulmineerub Lindoras Eesti kõrgeima liivakivipaljandiga. Härma müürideks kutsutava Devoni liivakivipaljandi kõrgaus ulatub 43 meetrini. 

Setomaa loodust uurides võib juhtuda ka imesid. Üks juhus on teada kümnekonna aasta eest, mil uurimisretkel Optjoki jõe keskjooksule registreeriti kohtumine siinmail väljasurnuks peetud sookilpkonnaga (Emys orbicularis). Ehkki toona kohatud sookilpkonna elukoht jäi Eesti riigipiirist pisut ida poole, peavad asjatundjad võimalikuks, et haruldasi sooelanikke leidub ka mujal Kagu-Eestis. 

Lõuna-Eesti ürgne ja liigirikas loodus pakub rohkelt avastamist ja üllatusi nii omakandi rahvale kui ka kaugemalt tulnud huvilistele. Tuleb olla vaid tähelepanelik ning osata märgata siinset elu – elu kahe maailma piiril. Nagu ütles tabavalt Vabariigi President Toomas Hendrik Ilves tänavu veebruaris meie riigi 95. aastapäeva kõnes: „Eesti on nagu metsmaasikas: ta on ürgne ja väike, teda on raske leida ja need, kes seda ei oska, ei märkagi teda ega oska teda ka hinnata.“